Para realizar sua missão, concretizar o posicionamento esperado nos diferentes ecossistemas de inovação e atingir a eficiência e efetividade organizacional, a Embrapa estabeleceu 11 objetivos estratégicos (OE).

O mapa estratégico apresenta a síntese do encadeamento entre os OEs relacionados com os processos internos, os quais subsidiam o alcance dos objetivos que entregam valor para a sociedade. 

No centro do mapa, está posicionada a missão, que é a razão de existir da Embrapa. Permeando a missão, estão os valores, que sustentam as práticas da Empresa e balizam o trabalho realizado por toda a sua equipe para a consecução dos OEs. Os objetivos estão orientados para a geração de soluções que impactam no cotidiano dos diversos clientes. Ao apresentar os OEs, a Empresa comunica aos empregados, à sociedade, ao governo e aos parceiros seus compromissos corporativos com a entrega de valor para a sociedade. O impacto das suas ações está categorizado em cinco grandes grupos: redução de custos; sustentabilidade da agricultura; agregação de valor; aumento de produtividade; e inclusão produtiva.

• Redução de custos: Soluções que possibilitem a melhoria da relação entre os recursos aplicados e os resultados obtidos, reduzindo custos para o produtor e consumidor final.
• Sustentabilidade da agricultura: Soluções tecnológicas que possibilitem a produção agropecuária ao mesmo tempo em que garantam às próximas gerações condições econômicas, sociais e ambientais que supram suas necessidades.
• Agregação de valor: Soluções tecnológicas que possibilitem ao consumidor perceber acréscimos nas características dos produtos ou serviços que lhe são entregues. É resultado da mudança física ou forma de produção/prestação de serviço que acarretem aumento de receita ao produtor e satisfação ao consumidor final.
• Aumento de produtividade: Soluções tecnológicas que possibilitem aumentar a produção em relação ao uso de insumos, assegurando adequada manutenção ou melhoria dos indicadores de sustentabilidade.
• Inclusão produtiva: Soluções tecnológicas e apoio às políticas públicas que promovam o desenvolvimento tecnológico, econômico e/ou social dos produtores, gerando aumento da capacidade produtiva e melhoria de renda e qualidade de vida no campo.