A Assessoria de Auditoria Interna tem por finalidades básicas:

1. acompanhar o cumprimento das metas do Plano Plurianual no âmbito da Empresa, visando comprovar a conformidade de sua execução;
2. acompanhar a execução dos Programas do Governo, com vistas a comprovação do nível de execução das metas, do alcance dos objetivos e da adequação do gerenciamento;
3. verificar o desempenho da gestão das unidades da empresa, visando comprovar a legalidade e a legitimidade dos atos e examinar os resultados quanto à economicidade, à eficiência, eficácia da gestão orçamentária, financeira, patrimonial, de pessoal e demais sistemas administrativos operacionais;
4. examinar e emitir pareceres sobre o balanço patrimonial e demonstrações financeiras, sobre a prestação de contas anual da Empresa;
5. orientar subsidiariamente os gestores da Empresa quanto aos princípios e às normas de controle interno, inclusive sobre a forma de prestar contas;
6. acompanhar a implementação das recomendações dos órgãos/unidades do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal e do Tribunal de Contas da União - TCU;
7. comunicar, tempestivamente, à direção da Embrapa, e em seguida, à Secretaria Federal de Controle Interno - SFC do Ministério da Transparência, Fiscalização e Controladoria-Geral da União - CGU sobre os fatos irregulares que causarem prejuízo ao erário, sob pena de responsabilidade solidária, após esgotadas todas as medidas administrativas corretivas para o devido ressarcimento à Embrapa;
8. elaborar o Plano Anual de Atividades do exercício seguinte, bem como o Relatório Anual de Atividades, a serem encaminhados ao órgão ou à unidade de controle interno a que estiver jurisdicionada, para efeito de integração das ações de controle nos prazos estabelecidos pela Secretaria Federal de Controle Interno;
9. submeter o seu Plano Anual de Atividades do exercício seguinte ao Conselho de Administração - CONSAD para aprovação até 31 de dezembro;
10. verificar a consistência e a fidedignidade dos dados e informações da Embrapa que comporão as contas do Presidente da República no Balanço Geral da União - BGU;
11. executar auditoria nas instituições parceiras conveniadas, onde a Embrapa seja partícipe concedente financeiramente;
12. executar auditorias na Fundação de Seguridade Social - CERES e na Caixa de Assistência dos Empregados da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - CASEMBRAPA;
13. avaliar os controles dos sistemas de informação e das bases de dados para garantir a disponibilidade, integridade, confidencialidade e autenticidade das informações sensíveis à Embrapa;
14. certificar a eficiência dos controles existentes na gestão da infraestrutura e serviços de Tecnologia da Informação na Embrapa, na Casembrapa e na Ceres;
15. atuar em caráter pericial, quando demandada, na constatação de fatos administrativos ou contábeis;
16. elaborar relatórios alusivos às atividades de campo executadas contendo as não-conformidades - NC e informações constatadas, apresentando sugestões e recomendações de medidas corretivas;
17. analisar as justificativas e implementações de soluções para as não-conformidades identificadas das unidades e instituições auditadas, mantendo o controle da fase de pós-auditoria até a solução da pendência;
18. manter articulação com o Conselho Fiscal da Embrapa, com o Tribunal de Contas da União - TCU, com o Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal e com o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, prestando-lhes as informações necessárias para o desempenho de suas atribuições;
19. orientar, acompanhar e avaliar a execução dos trabalhos de comissão de sindicância, quando designada pelo Presidente; avaliar os resultados das comissões de sindicâncias instituídas nas Unidades Centrais e Descentralizadas e, quando necessário, orientar os Chefes sobre as providências a serem adotadas; manter o controle dos resultados dos trabalhos das comissões de sindicâncias;
20. orientar e avaliar a execução dos trabalhos de Tomada de Contas Especiais, instituídas na âmbito da Empresa;
21. participar da composição da equipe de trabalho de campo da Secretaria Federal de Controle Interno - CGU, quando solicitado.