A caracterização do perfil genético de estoques que sofreram manipulação genética é um procedimento bastante recomendável para as estações de piscicultura que utilizam técnicas de melhoramento animal. Híbridos interespecíficos de peixes podem ser férteis e contaminar geneticamente os estoques através de introgressão, o que causa sérios prejuízos para as pisciculturas e impactos negativos para o ambiente natural. O monitoramento dos programas de hibridação interespecífica consiste no uso de metodologias que possibilitam encontrar características diagnósticas que identifiquem, de maneira clara e acessível, parentais e híbridos. A proposta deste estudo é caracterizar marcadores moleculares para a identificação de híbridos interespecíficos F1 (primeira geração) e pós-F1. Posteriormente, pretende-se realizar a identificação genética de híbridos em estoques de reprodutores de pisciculturas brasileiras e, dessa forma, organizar os plantéis de reprodutores para que híbridos não sejam manejados erroneamente como matrizes. O projeto busca também fornecer subsídios para que essas metodologias sejam aplicadas de forma rotineira e acessível nos programas de hibridação. Com o conhecimento do perfil genético desses animais, associado à aplicação de práticas corretas de manejo, podem ser evitados ou minimizados possíveis problemas decorrentes do uso de animais geneticamente manipulados. Por fim, os dados gerados servirão como modelo para um manejo adequado desses animais, permitindo um desenvolvimento sustentável da aquicultura.