PlantAnnot
PlantAnnot
Foto: ALVES, Lilian
O “Plant Co-expression Annotation Resource” (PlantAnnot), é um sistema desenvolvido para encontrar proteínas que não têm nenhuma anotação ou função atribuída (PUFs, ou Proteínas de Função Desconhecida) e que podem estar envolvidas com mecanismos moleculares relacionados a estresses abióticos em plantas (calor, seca, desidratação e estresse osmótico). O sistema, construído a partir de outro ativo da Embrapa (Machado Genomics), agrega ortologia, redes de coexpressão e dados genômicos para filtrar os genomas de 53 plantas (baixados do Phytozome e NCBI) e selecionar PUFs candidatas para essas características. Como não há informações sobre a função de PUFs, uma maneira de inferir a função é vincular PUFs a outras moléculas usando grupos de ortologia usando um algoritmo de associação “por culpa” (guilt by association). Desta forma, membros de um determinado grupo ortólogo que já possuem anotação e / ou têm domínios de proteínas caracterizados, podem ser usados como um proxy para inferir a função para as proteínas PUF por associação.
Onde Encontrar:
O PlantAnnot é acessado por meio da Plataforma AgroAPI da Embrapa - https://www.agroapi.cnptia.embrapa.br
Produto: Software Ano de Lançamento: 2021
Bioma: Amazônia, Cerrado, Mata Atlântica, Caatinga, Pampa, Pantanal
Unidade Responsável: Embrapa Agricultura Digital
Unidades Participantes: Embrapa Milho e Sorgo
Palavras-chave: PlantAnnot, PUF, Proteína, Melhoramento Genético, OGM, Software, API