O acervo físico da Biblioteca da Embrapa Cerrados está dividido em seções. O acervo geral contempla livros e proceedings com mais de 9500 exemplares; temos uma seção de teses e dissertações com 1760 títulos; uma seção de folhetos com mais 7400 exemplares; a Coleção Cerrados com mais de 8000 documentos de diversos formatos sobre o Cerrado brasileiro; temos 550 documentos de referência; temos também uma seção de literatura com 200 títulos nacionais e estrangeiros; e 1161 títulos de periódicos, que atendem tanto as demandas da Embrapa quanto aos sistemas de comutação bibliográfica, temos ainda a Coleção Memória e a seção de Obras Antigas formada por mais de 600 exemplares de livros raros e antigos da área agrícola e disciplinas correlatas. Temos ainda a coleção de multimeios (vídeos, CD, DVD e outras mídias).

O acervo está disponível para consulta e empréstimo aos usuários cadastrados, salvo as Coleções de Memória, Obras Antigas, que, dado o caráter especial, possuem acesso restrito e não estão disponíveis para empréstimo domiciliar.

Já o acervo digital, esse é composto por e-books, dicionários, normas técnicas, periódicos e bases de dados assinadas pela Embrapa, que permitem acesso a vários tipos de documentos, e até mesmo o acesso remoto para os usuários cadastrados. Destacam-se, ainda, nesse acervo, os repositórios institucionais, que disponibilizam, em texto completo, grande parcela das publicações – técnicas e científicas – produzidas pela Embrapa.

O acervo da Biblioteca da Embrapa Cerrados é gerenciado pelo Ainfo – sistema informatizado desenvolvido pela Embrapa Informática Agropecuária, para a gestão de acervos impressos e digitais das bibliotecas da Embrapa, que inclui todas as fases do fluxo de tratamento da informação –, e pode ser consultado nas Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Brasileira (BDPA).