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 Autoria: MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Protein secondary structure elements (PSSEs) such as [alfa]-helices, [beta]-strands, and turns are the primary building blocks of the tertiary protein structure. Our primary interest here is to reveal... ... |
 Autoria: BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. In order to improve binding affinity prediction, we developed a new scoring function, named STINGSF, derived from physical-chemical and structural features that describe the protein-ligand interaction... ... |
 Autoria: JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. We present here analysis of pre-calculated values for the cross-links, previously stored in the STING_RDB. |
 Autoria: MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. We have invested a significant amount of time and CPU resources in order to curate and analyze what ate the consequences for in-silico analysis of the active site 3D environment after implementing rem... ... |
 Autoria: MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. We present here analysis of pre-calculated values for the electrostatic potential at the alpha carbons, previously stored in the STING_RDB. |
 Autoria: OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o númer... ... |
 Autoria: FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Short Abstract: The Protein Ligand Contacts ? the new STING module allows a user to compare the contacts established between the ligand and the protein together with the variety of other structure par... ... |
 Autoria: NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, d... ... |
 Autoria: YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Short Abstract: In this work we present Java Protein Interface Viewer (JPIV). It is a web-based software designed to visualize and analyse protein-protein interfaces. It uses Delaunay triangulation in... ... |
 Autoria: KUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. STING continues to build on what is considered its major asset: a principal DB of per-residue-reported d... ... |
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