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DIPN: a dictionary of the internal proteins nanoenvironments and their potential for transformation into agricultural assets. Autoria: MAZONI, I.; NESHICH, G. Introduction. Protein nanoenvironments and their characteristics: List of physicochemical and structural descriptors that characterize specific nanoenvironments. Contributions: what does knowledge abo... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2023
Interactions between tanshinones and derivatives with PAI-1, a possible new class of anticoagulants. Autoria: SANTOS, R. V. dos; MAZONI, I.; TASIC, L. Highlights. - Warfarin is behind ~30% of preventable adverse hospital events; - Tanshinones are natural lipophilic abietane diterpenes; - Tanshinones are the most active anticoagulants in Salvia hispa... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2022
A comparison between internal protein nanoenvironments of ?-helices and beta-sheets. Autoria: MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G. In this paper we would first like to address a full characterization of the nanoenvironment found at beta sheet locations and then compare those characteristics with the ones we already published for... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2020
DPIN: um dicionário dos nanoambientes internos das proteínas e seu potencial para transformação em ativos para a agricultura. Autoria: MAZONI, I.; NESHICH, G. Introdução. Nanoambientes proteicos e suas características. Lista dos descritores físico-químicos e estruturais que caracterizam os nanoambientes específicos. Contribuições. Qual é o significado do co... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2020
Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Autoria: MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Protein secondary structure elements (PSSEs) such as [alfa]-helices, [beta]-strands, and turns are the primary building blocks of the tertiary protein structure. Our primary interest here is to reveal... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2018
Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Autoria: BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G. We propose a new empirical scoring function for binding affinity prediction modeled based on physicochemical and structural descriptors that characterize the nano-environment that encompass both ligan... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2016
Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Autoria: BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. In order to improve binding affinity prediction, we developed a new scoring function, named STINGSF, derived from physical-chemical and structural features that describe the protein-ligand interaction... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2015
Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Autoria: MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are st... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2014
Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. Autoria: JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional, uma nova ciência aplicada. Desenho racional de drogas, fármacos e agroquímicos. Biologia computacional na Embrapa. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2014
Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Autoria: RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2010

Mostrando 1 - 10 de 35 resultados.

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