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Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Autoria: MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Protein secondary structure elements (PSSEs) such as [alfa]-helices, [beta]-strands, and turns are the primary building blocks of the tertiary protein structure. Our primary interest here is to reveal... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2018
Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. Autoria: JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. We present here analysis of pre-calculated values for the cross-links, previously stored in the STING_RDB. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2008
Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. Autoria: MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. We have invested a significant amount of time and CPU resources in order to curate and analyze what ate the consequences for in-silico analysis of the active site 3D environment after implementing rem... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2008
Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. Autoria: MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. We present here analysis of pre-calculated values for the electrostatic potential at the alpha carbons, previously stored in the STING_RDB. Repositório: BDPA Ano de publicação: 2008
Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Autoria: OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o númer... ... Repositório: BDPA Ano de publicação: 2006

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