O Complexo Portuário do Itajaí é constituído pelo Porto Público de Itajaí e mais 6 terminais de uso privado nas margens direita (município de Navegantes) e esquerda (município de Itajaí) da foz do Rio Itajaí. Os terminais de uso privado (TUPs) são os seguintes: Teporti Terminal Portuário Itajaí S.A.; Poly Terminais S.A.; Barra do Rio Terminal Portuário; Trocadeiro Terminal Portuário; Terminal Portuário Braskarne e Portonave S.A. Terminais Portuários de Navegantes. A autoridade portuária é delegada ao município e exercida pela Superintendência do Porto de Itajaí, autarquia municipal criada em 2000.

Ele está estrategicamente localizado em um dos principais entroncamentos rodoviários do Sul do Brasil, interligado pelas rodovias BR 101 e BR 470 e a SC-470 que ligam Itajaí ao oeste catarinense, passando por Blumenau; encontram a BR-101, a 10 km do porto e a SC-486, até Brusque. A posição geográfica o coloca no centro da Região Sul, englobando, no raio de 600 quilômetros, as capitais de SC, RS, PR e SP, além de importantes municípios desses quatro estados, que congrega 46% do PIB nacional. Característica que transforma o Complexo em concentrador e distribuidor de cargas e possibilita o atendimento dos mercados exportadores e importadores de 21 estados brasileiros e DF. O porto não é servido por ferrovias.

Os primeiros estudos técnicos sobre o Porto de Itajaí datam de 1905, mas somente em 1914 foram construídos 700 metros lineares do molhe Sul e, mais tarde, realizadas outras obras, incluindo as do molhe Norte. As obras do porto foram iniciadas efetivamente em 1938 com a construção do primeiro trecho de cais. Em 1977 foi erguido o prédio administrativo e o terceiro armazém. Na década de 1980, a Portobras promoveu a reforma e recuperação completa do cais acostável. O Porto de Itajaí foi considerado porto organizado em 1966 que também criou a Junta Administrativa do Porto de Itajaí (Japi), responsável pela gestão portuária. As operações do porto eram alavancadas pelas cargas de madeira. Porém, no final dos anos 1960, o ritmo de extração da madeira começou a cair. No início dos anos de 1970, a grande indústria catarinense estava se preparando para exportar. A partir daí o Porto de Itajaí passou a diversificar suas operações. Começou a operar cargas de açúcar, de produtos congelados e, em seguida, os contêineres, que hoje são o carro-chefe da movimentação. No mesmo período em que a circulação de cargas conteinerizadas se intensificou foi extinta a Portobras e a administração do porto foi atrelada à Companhia Docas de São Paulo (Codesp) em 1990 até 2000. A partir daí o município assumiu a gestão do Porto e, de acordo com a legislação em vigência, foi promovido o arrendamento do Terminal de Conteineres (Tecon) a empresa de proposito específico Terminal de Conteineres do Vale do Itajaí (Teconvi), hoje APM Terminals Itajaí. Isso possibilitou que o porto recebesse investimentos em equipamentos e modernização.

Ao longo dos anos recentes, as principais mercadorias movimentadas pelo Porto de Itajaí foram: madeira e derivados; frangos congelados (maior porto exportador do Brasil); cerâmicos; papel kraft; máquinas e acessórios; tabacos; veículos, têxteis; açúcar e carne congelada. Merece destaque a movimentação de contêineres, que coloca o Complexo Portuário de Itajaí na segunda posição do ranking nacional, atrás apenas do Porto de Santos.

O Plano Mestre do Porto de Itajaí realizado em 2015 apresenta o planejamento da expansão até 2030. O documento oferece sugestões de melhorias internas como aumento de produtividade, governança, áreas de manobra, etc., além de intervenções na hinterlândia.

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