Em março de 1995 navios da Marinha do Brasil iniciaram os levantamentos de profundidades submersas na costa do Ceará na região da Ponta do Pecém no município de São Gonçalo do Amarante, a cerca de 60 km de Fortaleza. No segundo semestre desse mesmo ano iniciou-se a concepção do Complexo Industrial e Portuário do Pecém e a contratação de projetos básicos de engenharia. Ele foi pensado como elemento capaz de atender as demandas empresariais, principalmente das indústrias de base voltadas para as atividades de siderurgia, refino de petróleo, petroquímica e de geração de energia elétrica. Em março de 2002, portanto sete anos após as medidas exploratórias, aconteceu a inauguração oficial do Terminal Portuário do Pecém.

A Companhia de Desenvolvimento do Complexo Industrial e Portuário do Pecém - CIPP S/A, uma empresa de economia mista sob a forma de sociedade anônima, administra todo o Complexo Industrial e Portuário do Pecém. Sob sua responsabilidade está o Terminal Portuário do Pecém, a zona industrial adjacente e a Zona de Processamento de Exportação (ZPE) do Ceará.

O Pecém é um elo na cadeia logística do transporte marítimo e tem como um de seus objetivos a viabilização de operações portuárias e industriais para o desenvolvimento do Complexo Industrial do Pecém, assim trata-se de Porto Industrial. Possui 03 piers marítimos, sendo o primeiro (Pier 1) para granéis sólidos, líquidos e carga geral não conteinerizada, o segundo (Pier 2) para granéis líquidos e o terceiro (TMUT) para granel sólido, carga geral conteinerizada e não conteinerizada. Por se tratar de um terminal "off shore", os Piers de atracação estão protegidos da ação das ondas e correntes por um quebra-mar de berma, na forma de "L" com 2.770 m de extensão. Os Piers são ligados ao continente por uma ponte rodoviária que interliga o Pátio de Armazenagem às instalações de atracação de navios.

O prédio da administração ocupa área total de 2 mil m², a portaria principal tem uma área coberta total de 1,3 mil m² para o acesso rodoviário. O acesso ferroviário está localizado junto aos armazéns e da ponte de acesso aos "piers". A ponte de acesso ao Pier 1 tem 1.730 m, ao Pier 2 tem 2.143 m e ao Pier 3 (TMUT) 2.502 m. O Pier 1 tem 15,75 mil m², o Pier 2 tem 400 m de comprimento e o Pier 3 tem 87,4 mil m2.

O acesso rodoviário é realizado por três rodovias principais, sendo 2 federais e 1 estadual, além de mais 2 rodovias secundárias. A BR-222 interliga Fortaleza à região norte do Estado e aos estados do PI e MA. A BR-116 interliga a capital aos estados do sul do Brasil, o acesso é através do Anel Viário que também é utilizado como via de interligação entre o Complexo Industrial e Portuário do Pecém, e os Distritos Industriais de Maracanaú, Horizonte, Pacatuba, Eusébio, etc. A CE-422, conhecida por Via Portuária, com 20,5 km de extensão e 12 m de largura, interliga a BR-222 às instalações portuárias. Essa via juntamente com a BR - 222 são as principais vias de escoamento de tráfego de veículos de carga que se destinam ou que têm origem nas instalações do Terminal. A CE-085 conhecida por "Estruturante". Trata-se de via de escoamento de veículos leves que se destinam às praias da região oeste do estado. A CE-348, rodovia estadual de tráfego leve que se interliga à CE-085, na localidade denominada de Coité, dando acesso ao Distrito do Pecém e à BR-222. O acesso ferroviário às instalações portuárias é feito através de ramal com 22,5 km de extensão, derivado da linha norte da Transnordestina Logística. Esse ramal ferroviário atravessa a zona industrial do Complexo, paralelo a Via Portuária (CE-422) e atende tanto ao Terminal do Pecém quanto às indústrias localizadas no Complexo.

Em 2017, a movimentação de cargas foi 41% maior na comparação com o ano anterior, o que resultou no faturamento bruto da ordem de R$ 144 milhões, um crescimento 62,2% a 2016. Foram movimentadas 15,8 milhões de toneladas, sendo 4 milhões de toneladas exportadas e 11,8 milhões de toneladas importadas. Os principais produtos importados foram carvão mineral, gás natural e produtos siderúrgicos. Entre as cargas enviadas para fora do País, as placas de aço tiveram o maior volume, seguidas das frutas frescas, com mais de 201 mil t e do gás natural.

A navegação de cabotagem também cresceu 62% na comparação com o ano anterior. O crescimento foi puxado pelo desembarque de 4,2 milhões de toneladas de minério de ferro, de mais de 329 mil toneladas de produtos siderúrgicos e mais de 215 mil toneladas de arroz. Nos embarques os produtos foram farinha de trigo (121,1 mil toneladas), cimento (66,7 mil toneladas) e gás natural (63,4 mil toneladas).

O site do gestor do porto, a CIPP S/A está disponível para acesso, existe também página no Facebook .