O Complexo Portuário de São Francisco do Sul é composto pelo Porto Organizado de São Francisco do Sul e pelo Terminal de Uso Privado (TUP) Porto Itapoá, além do Terminal de Granéis de Santa Catarina (TGSC), que se encontra em implantação. Está localizado no litoral norte de SC, na baía da Babitonga. O Porto de São Francisco do Sul está localizado na Ilha de São Francisco do Sul (SC), juntamente com o empreendimento TGSC, enquanto o TUP Porto Itapoá está localizado no outro lado da baía, no município de Itapoá (SC). Foi inaugurado em 1955 e é gerenciado pela Administração dos Portos de São Francisco do Sul (APSFS), autarquia estadual. Ele dispõe, atualmente, de um cais acostável com cerca de 1.500 m distribuídos em 7 berços de atracação, sendo que os berços 301, 302 e 303 encontram-se arrendados à empresa Terminal Portuário Santa Catarina (TESC). Na sua retroárea estão os terminais Terlogs, Bunge e Companhia Integrada de Desenvolvimento Agrícola (CIDASC) para granéis sólidos, mais especificamente granéis vegetais. A CIDASC dispõe de uma área de 39 mil m² de um terminal graneleiro para recebimento de mil toneladas por hora, armazenagem de 70 mil toneladas e envio de granéis sólidos de origem agrícola de 3 mil t/h. Ela é a responsável pela operação do Corredor de Exportação de Grãos do Porto. A Bunge está habilitada como operadora portuária e conta com dois armazéns para granéis sólidos de exportação com capacidade total de 114 mil t e 12 tanques para armazenamento de óleo vegetal com capacidade conjunta de 37 mil m³. A Terlogs Terminal Marítimo Ltda. foi adquirida pela empresa japonesa Marubene. O terminal armazena cevada, farelo de soja e soja, trigo, milho e malte. O complexo armazenador conta com uma capacidade total de 107 mil t.

Para acessar o Porto e o TUP Porto Itapoá, a principal via de ligação com a hinterlândia é a BR-101. No trajeto ao Porto, a BR-101 conecta-se à BR-280. No acesso ao TUP Porto Itapoá, a BR-101 conecta-se à SC-417 e, na sequência, à SC-416. O acesso rodoviário a Joinville e dali a todo o país e o MERCOSUL é pela BR 280, num percurso de 40 km totalmente pavimentado. A ligação ferroviária é através da estrada de ferro 485, que liga São Francisco do Sul à cidade de Mafra, distante 167 km. Em Mafra se acessa a malha ferroviária que se conecta com São Paulo e com Porto Alegre. Também se pode acessar a rede ferroviária que corta o Paraná no sentido oeste, um dos mais importantes corredores de grãos do país. O porto tem nas suas proximidades três aeroportos: o de Joinville, a 60 km, e o de Navegantes, a 100 km, são servidos por linhas aéreas domésticas que os interligam com os principais centros nacionais e internacionais. A terceira opção é o Aeródromo de São Francisco do Sul, a 8 km, que possibilita o uso de pequenas aeronaves particulares em sua pista de mil metros.

Em 2016, o Complexo Portuário de São Francisco do Sul movimentou um total aproximado de 17,1 milhões de toneladas, destacam-se contêineres e granéis sólidos agrícolas, que representaram respectivamente 41% e 32% da demanda total, seguidos por granéis sólidos minerais (14%) e cargas gerais (13%). Até 2045, espera-se que a demanda cresça em média 2% ao ano, alcançando um total de 34,1 milhões de toneladas. Ao final do período, os granéis sólidos agrícolas e os contêineres devem ganhar participação relativa, pois apresentam projeção com maiores taxas de crescimento quando comparadas às taxas das cargas gerais, cuja participação no total projetado para o complexo deve ser reduzida.

O Plano Mestre para a ampliação e modernização do COMPLEXO PORTUÁRIO DE SANTANA, faz um diagnóstico e prevê quais mudanças e melhorias serão necessárias para que o porto atenda de forma satisfatória o crescimento das demandas no ano de 2045.

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