O local do antigo Porto de São Luís, escolhido pelos franceses quando ali se estabeleceram em 1612, serviu a cidade praticamente até o início das operações do Porto do Itaqui, em 1974. Em 1918, previa a construção de instalações para acostagem ligadas ao centro comercial do município de São Luís, com a empresa C.H. Walker & Co. Ltda. Os estudos realizados em 1939 indicaram a região de Itaqui para a criação de um porto no Maranhão. A Companhia Docas do Maranhão (Codomar), do Governo Federal, administrou o porto desde a sua inauguração. A partir de 2001, o Porto do Itaqui passou a ser gerenciado pela Empresa Maranhense de Administração Portuária (EMAP).

A conexão ferroviária ocorre com duas ferrovias. Uma é a Transnordestina (FTL), que passa por 7 estados do NE, do MA ao SE (trecho de São Luís a Propriá) e tem 4.238 km. A outra é a Estrada de Ferro Carajás (EFC), trecho concedido à Vale e operado pela VLI, que tem 892 km, ligando a capital maranhense a Carajás-PA. Além de graneis sólidos e líquidos, ela é utilizada para escoar a produção de celulose em Imperatriz-MA para o Itaqui. Há ainda uma conexão indireta com a Ferrovia Norte-Sul (FNS), que se liga à EFC em Açailândia. Tal conexão possibilita transportar graneis sólidos minerais e vegetais, além de combustíveis. Com a operacionalização do trecho até Anápolis-GO, há perspectivas de novos negócios. O acesso se dá pelas rodovias BR-135 e BR-222 que se conecta a outras rodovias federais (BR 316, BR 230, BR 226 e BR 010) e estaduais (MA 230) para todo o Norte e Sul do país. O acesso marítimo acontece pelo canal de acesso que tem 88,5 km de extensão na direção sul-sudoeste, possui largura mínima de 500 m e profundidade limitante de 23 m. A ligação fluvial se faz pelos Rios Mearim, Pindaré, dos Cachorros e Grajaú, limitados pelas pequenas profundidades.

A área portuária compreende 174 mil m², possui 1.937 m de cais acostável sendo divididos em um cais contínuo de 1.517 m e um berço exclusivo para granéis líquidos com 420 m. Os 1.517 m são divididos em seis berços tipo multiuso (berços 100, 101, 102, 103, 104 e 105) e os 420 m compreendem o berço 106, específico para granéis líquidos. A primeira fase do Terminal de Grãos do Maranhão (Tegram) foi inaugurada oficialmente em 2015. O Tegram tem capacidade de armazenagem de 500 mil toneladas de grãos e capacidade de movimentação de cinco milhões de toneladas anuais. Ao todo, são quatro armazéns disponíveis. Quando as duas fases forem concluídas, o terminal deverá receber, anualmente, 220 navios, 900 trens e 150 mil caminhões e terá capacidade de embarque de 10 milhões de toneladas.

A soja é um dos principais produtos movimentado com mais de 6 milhões de toneladas em 2017, o milho movimentou 1,7 milhões de toneladas. É importante destacar também a instalação da Suzano na cidade de Imperatriz, que exporta sua produção pela Ferrovia Carajás até o porto, cerca de 1,5 milhões de toneladas. Também existe o projeto de construção de um terminal especializado em manuseio de fertilizantes com capacidade de 5 milhões de toneladas por ano.

O Plano Mestre do Porto de São Luis pode ser consultado na íntegra.