Apesar da pequena porcentagem que representa em relação à cafeicultura brasileira, o sistema orgânico de produção de café tem um enorme potencial de promover a preservação ambiental e a valorização social e econômica de uma região, representando uma grande oportunidade para fortalecer as organizações de pequenos produtores e reduzir as desigualdades sociais.

Fundamentado em princípios agroecológicos, o sistema orgânico não permite o uso de agrotóxicos e de adubos minerais e, portanto, a adubação pode ser feita com estercos animais, compostos orgânicos, adubos verdes, torta de mamona, farinha de ossos, termofosfatos, preparados do tipo bokashi, entre outras fontes orgânicas alternativas. Os compostos orgânicos, por exemplo, são uma ótima opção, pois podem ser produzidos dentro da propriedade ou do próprio cafezal, a partir de resíduos vegetais do local ou de fácil aquisição na região. E, pra reduir os custos com transporte, basta instalar as pilhas de compostos próximo ao local onde serão utilizados.

Além disso, a adubação verde com espécies leguminosas é uma prática muito importante e pode ser usada para diversificar a lavoura, além de ser uma excelente alternativa para reciclar nutrientes no sistema, também contribuindo para o aporte de matéria orgânica e nitrogênio, via fixação biológica do nitrogênio atmosférico. Também a arborização do cafezal é uma prática bem-vinda, conhecida como cultivo em sistemas agroflorestais - que contribui para que haja maior diversificação da lavoura, aumento na longevidade das plantas, menor compactação e melhoria nas condições do solo, aumento da população de inimigos naturais e geração de renda extra para o produtor, reduzindo os riscos provocados por quedas nos preços do café no mercado mundial.

No caso da vegetação espontânea, é preciso que seja manejada com roçadas, de forma seletiva, eliminando-se as espécies agressivas e mantendo-se as espécies de porte baixo, que podem servir de cobertura viva, bem como aquelas que podem trazer algum benefício para a área cultivada, como as leguminosas, que fixam o nitrogênio do ar.

Em um sistema orgânico, não se pode usar defensivos químicos, então o controle de pragas e doenças deve ser feito com produtos alternativos, como as caldas sulfocálcica e bordalesa, que têm funções fungicida, acaricida e repelente. No entanto, no caso da ferrugem, principal doença do cafeeiro, não existe, ainda, um produto alternativo eficiente para combatê-la em cultivos orgânicos. A melhor solução, então, é optar por cultivares resistentes à doença. Além disso, em regiões onde há pouca incidência de chuvas, é preciso selecionar cultivares também resistentes à seca.