A Embrapa Agrobiologia carrega em seu DNA os intensos e produtivos estudos liderados inicialmente pela pesquisadora Johanna Döbereiner sobre fixação biológica de nitrogênio (FBN). Os processos que envolvem essa técnica e sua aplicação em sistemas produtivos sempre constituíram uma linha que permeou a atuação da maior parte do corpo de pesquisadores da Unidade. Já em meados da década de 1960, após o Governo Federal implantar o programa de melhoramento da soja, em 1964, a Unidade - ainda denominada Centro Nacional de Ensino e Pesquisas Agronômicas, vinculada ao Ministério da Agricultura - contribuiu para uma verdadeira revolução na agricultura ao estudar o uso de microrganismos para promover a FBN em substituição ao uso de fertilizantes nitrogenados. 

Na cultura da soja, o uso de inocultantes bacterianos garantiu a competitividade do grão brasileiro em relação a outros países, refletindo positivamente na balança comercial do País. O Brasil passou a ser o segundo maior produtor mundial do grão, atrás apenas dos Estados Unidos, com uma economia anual de bilhões de dólares pela não utilização de fertilizantes nitrogenados.
 
Atualmente a Embrapa Agrobiologia desenvolve dezenas de projetos de pesquisa, dos quais pelo menos metade tem relação, direta ou indireta, com o uso de inoculantes e o processo da FBN.