A Assembleia Geral (AG) é uma estrutura decisória que passou a ser obrigatória em todas as empresas públicas brasileiras, a partir da nova Lei das Estatais (Lei 13.303, de 30/06/2016, regulamentada pelo Decreto 8.945, de 27/12/2016).

O objetivo principal desse novo Colegiado é promover maior clareza e transparência ao processo decisório e exatidão nos controles dos órgãos estatutários. O referido decreto estabelece a atuação das unidades que irão compor a estrutura de governança nas empresas estatais, definindo que a Assembleia Geral toma decisões relacionadas aos acionistas (ou seja, à União); que o Conselho de Administração (Consad) assume a função de orientação estratégica e de elo entre propriedade e gestão, supervisionando a Diretoria; e que a Diretoria-Executiva fica encarregada da gestão da empresa.

A Assembleia Geral deverá acontecer, obrigatoriamente, por meio de uma reunião ordinária anual, sempre no primeiro quadrimestre e conduzida pelo Presidente do Conselho de Administração da Embrapa (Consad). A pauta obrigatória é a análise e a avaliação das contas dos administradores da Embrapa, bem como deliberação sobre as demonstrações financeiras apresentadas.

A Assembleia pode se reunir também de forma extraordinária, para cumprir outras competências como, por exemplo, alterar o capital social, o estatuto social da Embrapa ou ainda para eleger e destituir membros dos conselhos da Empresa a qualquer tempo.

Por se tratar de empresa pública dependente de orçamento da União, a Embrapa possui um único acionista, que é a própria União. Por isso, a Assembleia é composta de apenas um membro que, de acordo com o Decreto 147/1967, é representado pela Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional (PGFN). Para compor o voto a ser apresentado na Assembleia, a PGFN se utiliza de duas instâncias consultivas: o Ministério da Economia e o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento.