As pesquisas em café foram iniciadas ainda na época do Brasil Império e, à medida que foram aparecendo desafios para a nova cultura – como doenças e pragas - foram sendo criados institutos de pesquisas. Nos anos 50, surgiu o primeiro instituto com a missão exclusiva de cuidar do café: o Instituto Brasileiro do Café - IBC. Criado com o objetivo de definir a política para o setor, coordenar e controlar estratégias, desde a produção até a comercialização interna e externa, o IBC também ofereceu assistência técnica e econômica à cafeicultura e promoveu estudos e pesquisas em prol da cultura e da economia cafeeira. O Instituto também foi o gestor do Fundo de Defesa da Economia Cafeeira - Funcafé, instituído em 1986 com recursos provenientes de cotas de contribuição sobre exportações de café, para financiar a produção e novas pesquisas. 
 
Com a extinção do IBC, em 1990, as instituições que trabalhavam com café sentiram a necessidade de se organizarem e terem um direcionamento em suas atividades de pesquisa para otimização dos resultados. Assim foi criado, em 1996, o Conselho Deliberativo de Política do Café - CDPC, vinculado ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - Mapa. O CDPC tem a finalidade de formular as políticas públicas concernentes à produção, comercialização, exportação e marketing, bem como de estabelecer programa de pesquisa agronômica e mercadológica para dar suporte técnico e comercial ao desenvolvimento da cadeia agroindustrial do café. 
 
Também em 1996 foi criado, sob a gestão do CDPC e coordenação da Embrapa, o Programa Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento do Café, mais conhecido como Programa Pesquisa Café, em parceria com as instituições componentes do Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária - SNPA, institutos e universidades brasileiras e a iniciativa privada do agronegócio café. Ficou estabelecido que o Programa de Pesquisa em Café deveria contemplar, em toda a cadeia produtiva, o desenvolvimento da pesquisa científica e tecnológica e os estudos socioeconômicos, a difusão de tecnologia e de informações e o acompanhamento da economia cafeeira brasileira e mundial. 
 
No ano seguinte, em 1997, foi criado o Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café, mais conhecido como Consórcio Pesquisa Café, com o objetivo de planejar e executar as pesquisas. O Termo de Constituição do Consórcio foi celebrado pela Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa; Empresa Baiana de Desenvolvimento Agrícola - EBDA; Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais – EPAMIG; Instituto Agronômico de Campinas – IAC; Instituto Agronômico do Paraná – IAPAR; Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural – INCAPER; Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - MAPA; Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro – Pesagro - Rio; Universidade Federal de Lavras – UFLA; e Universidade Federal de Viçosa – UFV (DOU de 14/3/97 – Seção 3).
 
Por fim, para coordenar a implementação e execução do Programa Pesquisa Café e sistematizar e organizar, no âmbito do Governo Federal, as ações de promoção e execução de atividades de pesquisa e desenvolvimento (P&D) com café no Brasil, foi criada em 30 de agosto de 1999, o Serviço de Apoio ao Programa Café (SAPC), Unidade Descentralizada da Embrapa criada com o nome síntese Embrapa Café. Hoje a atuação dessa Unidade da Embrapa frente ao Programa Pesquisa Café inclui atividades de gestão e realização de P&D&I, orientadas por objetivos estratégicos definidos, de forma a responder aos desafios do desenvolvimento da cafeicultura brasileira e o fortalecimento do Consórcio Pesquisa Café.