Para fornecer informações de base para a conservação, planejamento e gerenciamento deste importante recurso pesqueiro, o presente estudo buscou estimar e avaliar a distribuição espacial da diversidade genética e taxas de migração (fluxo gênico) entre as populações em toda a distribuição da espécie no Brasil. Foram utilizados marcadores moleculares para estudar a genética populacional de 442 caranguejos coletados de Norte a Sul da costa brasileira. Depois de determinar as estimativas da diversidade genética, foram realizadas as análises da estrutura da população e do fluxo de gênico utilizando softwares STRUCTURE e MIGRATE, respectivamente. Os marcadores foram altamente polimórficos. Apesar da alta variabilidade genética, observou-se uma falta de diferenciação entre as localidades de acordo com os valores de FST e Jost’s D (média = 0,018 e 0,038, respectivamente), e a análise bayesiana realizada no software STRUCTURE, evidenciando a ocorrência de um grupo genético único e muito amplo em toda a costa do país. Foram encontradas altas taxas de migração entre as localidades (~ 17,2 migrantes efetivos por geração entre cada população (par-a-par) estudada. As altas taxas de migração encontradas entre as localidades parecem ser a principal força que atua para sustentar a distribuição homogênea da diversidade genética da espécie. Essas descobertas são importantes para o estabelecimento de um banco de dados a ser usado no desenvolvimento de programas de conservação.