A Embrapa Hortaliças iniciou suas atividades em 1975, com a criação da Unidade de Pesquisa de Âmbito Estadual de Brasília (UEPAE de Brasília), especializada em pesquisa de hortaliças. Contudo, foi no dia 27 de maio de 1981 que a Unidade foi elevada a Centro Nacional de Pesquisa de Hortaliças, com o propósito de executar atividades de pesquisa sobre os fatores que limitavam o desenvolvimento das hortaliças em condições tropicais.

Dois anos depois, a instituição passou a coordenar o Programa Nacional de Pesquisa de Hortaliças. Nesse período destacam-se os trabalhos de melhoramento genético, que resultaram em cultivares adaptadas às condições edafoclimáticas brasileiras, bem como o desenvolvimento de sistemas de produção adequados ao território nacional. 

Em 1997, estabeleceu-se a denominação Embrapa Hortaliças. Desde sua fundação, a Unidade de Pesquisa tem contribuído para o crescimento do agronegócio de hortaliças com a geração de tecnologias, produtos e processos, e com transferência de tecnologia para a cadeia produtiva.